土木工程学科是塔里木大学校级重点学科，本学科立足南疆地区气候和盐渍土壤环境，开展寒旱区岩土工程综合防灾技术、工程结构耐久性与防护加固技术、新型建筑材料等区域特色鲜明的学术研究工作，为有效解决当前南疆地区基础设施建设中的盐渍土工程灾害问题提供坚实的技术支持和理论指导。
水利工程学科是塔里木大学校级重点学科。本学科在深入分析水的自然和社会属性及循环规律的基础上，通过各类工程措施及非工程措施实现有资源的有效保护和高效利用。针对新疆特殊的水源、气候、土壤及地质条件，坚持长期在水利工程等领域开展科学研究、技术开发和社会服务工作，并在水工结构工程、水资源高效利用与灌排技术、干旱区水土环境保护与修复技术等方向形成突出优势和鲜明特色。
